MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Methanocaldococcus vulcanius M7 plasmid pMETVU01

Total Repeats: 147

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013408	TCC	2	6	908	913	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	261403860
2	NC_013408	AGA	2	6	942	947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	261403860
3	NC_013408	GAA	2	6	1006	1011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	261403860
4	NC_013408	GCG	2	6	1073	1078	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261403860
5	NC_013408	T	6	6	1126	1131	0 %	100 %	0 %	0 %	261403861
6	NC_013408	CT	4	8	1139	1146	0 %	50 %	0 %	50 %	261403861
7	NC_013408	T	6	6	1173	1178	0 %	100 %	0 %	0 %	261403861
8	NC_013408	TCAG	2	8	1256	1263	25 %	25 %	25 %	25 %	261403861
9	NC_013408	TTA	2	6	1368	1373	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	261403861
10	NC_013408	ATT	2	6	1403	1408	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	261403861
11	NC_013408	CGG	2	6	1686	1691	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261403862
12	NC_013408	AGAGGG	2	12	1752	1763	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403862
13	NC_013408	CTA	2	6	1862	1867	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261403863
14	NC_013408	ATA	2	6	1922	1927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	261403863
15	NC_013408	TA	3	6	2067	2072	50 %	50 %	0 %	0 %	261403863
16	NC_013408	TACA	2	8	2208	2215	50 %	25 %	0 %	25 %	261403864
17	NC_013408	AGAA	2	8	2246	2253	75 %	0 %	25 %	0 %	261403864
18	NC_013408	ACCA	2	8	2362	2369	50 %	0 %	0 %	50 %	261403864
19	NC_013408	TAACC	2	10	2427	2436	40 %	20 %	0 %	40 %	261403864
20	NC_013408	GGA	2	6	2442	2447	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403864
21	NC_013408	TCT	2	6	2462	2467	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	261403864
22	NC_013408	TGA	2	6	2478	2483	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261403864
23	NC_013408	CTA	2	6	2518	2523	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261403864
24	NC_013408	AGG	2	6	2524	2529	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403864
25	NC_013408	ATGA	2	8	2540	2547	50 %	25 %	25 %	0 %	261403864
26	NC_013408	CCCA	2	8	2591	2598	25 %	0 %	0 %	75 %	261403865
27	NC_013408	ACC	2	6	2672	2677	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	261403865
28	NC_013408	CCCA	2	8	2687	2694	25 %	0 %	0 %	75 %	261403865
29	NC_013408	TCT	2	6	2752	2757	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	261403865
30	NC_013408	TTA	2	6	2830	2835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	261403865
31	NC_013408	AG	3	6	2860	2865	50 %	0 %	50 %	0 %	261403865
32	NC_013408	ACC	2	6	3271	3276	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	261403866
33	NC_013408	ACT	2	6	3342	3347	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261403866
34	NC_013408	AGT	2	6	3459	3464	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261403866
35	NC_013408	AGA	2	6	3651	3656	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	261403866
36	NC_013408	CTC	2	6	3667	3672	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	261403866
37	NC_013408	AG	3	6	3690	3695	50 %	0 %	50 %	0 %	261403866
38	NC_013408	GGA	2	6	3749	3754	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403866
39	NC_013408	TTA	2	6	3755	3760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	261403866
40	NC_013408	AG	3	6	3807	3812	50 %	0 %	50 %	0 %	261403866
41	NC_013408	AG	3	6	3825	3830	50 %	0 %	50 %	0 %	261403866
42	NC_013408	GGA	2	6	5329	5334	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403867
43	NC_013408	CTC	2	6	5349	5354	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	261403867
44	NC_013408	GA	3	6	5386	5391	50 %	0 %	50 %	0 %	261403867
45	NC_013408	GGA	2	6	5404	5409	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403867
46	NC_013408	CGGA	2	8	5467	5474	25 %	0 %	50 %	25 %	261403867
47	NC_013408	G	6	6	5523	5528	0 %	0 %	100 %	0 %	261403867
48	NC_013408	TAG	2	6	5558	5563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261403868
49	NC_013408	CTGGG	2	10	5565	5574	0 %	20 %	60 %	20 %	261403868
50	NC_013408	AGG	2	6	5632	5637	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403868
51	NC_013408	AAT	2	6	5670	5675	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	261403868
52	NC_013408	AGGGAC	2	12	5725	5736	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	261403869
53	NC_013408	TGA	2	6	5894	5899	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261403869
54	NC_013408	AGG	3	9	5917	5925	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403869
55	NC_013408	AAG	2	6	5976	5981	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	261403869
56	NC_013408	GAG	3	9	5985	5993	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403869
57	NC_013408	TAA	2	6	6020	6025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	261403869
58	NC_013408	ACC	2	6	6031	6036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	261403869
59	NC_013408	CTC	2	6	6045	6050	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	261403869
60	NC_013408	CAT	2	6	6143	6148	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261403869
61	NC_013408	GAG	2	6	6297	6302	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403869
62	NC_013408	GAG	2	6	6357	6362	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403869
63	NC_013408	GAG	2	6	6381	6386	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403869
64	NC_013408	TTA	2	6	6400	6405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	261403869
65	NC_013408	CCG	2	6	6426	6431	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	261403869
66	NC_013408	AAG	2	6	6474	6479	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	261403869
67	NC_013408	TAC	2	6	6528	6533	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261403869
68	NC_013408	GGA	2	6	6553	6558	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403869
69	NC_013408	AAG	2	6	6576	6581	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	261403869
70	NC_013408	CTT	2	6	6585	6590	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	261403869
71	NC_013408	AAG	2	6	6666	6671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	261403869
72	NC_013408	GAG	2	6	6678	6683	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403869
73	NC_013408	AGG	2	6	6712	6717	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403869
74	NC_013408	AG	3	6	6719	6724	50 %	0 %	50 %	0 %	261403869
75	NC_013408	CCA	2	6	6727	6732	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	261403869
76	NC_013408	GAG	2	6	6786	6791	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403869
77	NC_013408	TAGC	2	8	6796	6803	25 %	25 %	25 %	25 %	261403869
78	NC_013408	ATA	2	6	6856	6861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	261403869
79	NC_013408	CTC	2	6	6892	6897	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	261403869
80	NC_013408	GGA	2	6	6965	6970	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403869
81	NC_013408	CTA	2	6	6993	6998	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261403869
82	NC_013408	GAG	2	6	7047	7052	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403869
83	NC_013408	GAG	2	6	7062	7067	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403869
84	NC_013408	ACC	2	6	7215	7220	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	261403869
85	NC_013408	AAT	2	6	7262	7267	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	261403869
86	NC_013408	CGA	2	6	7310	7315	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	261403869
87	NC_013408	GGA	2	6	7358	7363	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403869
88	NC_013408	GGA	2	6	7400	7405	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403869
89	NC_013408	GAG	2	6	7416	7421	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403869
90	NC_013408	GGA	2	6	7433	7438	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403869
91	NC_013408	CTA	2	6	7492	7497	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261403869
92	NC_013408	GA	3	6	7534	7539	50 %	0 %	50 %	0 %	261403869
93	NC_013408	CGG	2	6	7570	7575	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	261403869
94	NC_013408	TGAG	2	8	7655	7662	25 %	25 %	50 %	0 %	261403869
95	NC_013408	ATT	2	6	7708	7713	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	261403870
96	NC_013408	TTAG	2	8	7753	7760	25 %	50 %	25 %	0 %	261403870
97	NC_013408	ATT	2	6	7762	7767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	261403870
98	NC_013408	CCTT	2	8	7824	7831	0 %	50 %	0 %	50 %	261403870
99	NC_013408	TTAAGG	2	12	7913	7924	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261403870
100	NC_013408	GCCGG	2	10	7938	7947	0 %	0 %	60 %	40 %	261403870
101	NC_013408	TAC	2	6	7948	7953	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261403870
102	NC_013408	CTT	2	6	7981	7986	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	261403870
103	NC_013408	GGA	2	6	8043	8048	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403870
104	NC_013408	TAT	2	6	8170	8175	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	261403870
105	NC_013408	CCA	2	6	8177	8182	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	261403870
106	NC_013408	TCC	2	6	8241	8246	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	261403870
107	NC_013408	GAG	2	6	8254	8259	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403870
108	NC_013408	AAAGGG	2	12	8265	8276	50 %	0 %	50 %	0 %	261403870
109	NC_013408	TGA	2	6	8388	8393	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261403870
110	NC_013408	GGT	2	6	8544	8549	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	261403870
111	NC_013408	AGGA	2	8	8623	8630	50 %	0 %	50 %	0 %	261403870
112	NC_013408	CGGA	2	8	8647	8654	25 %	0 %	50 %	25 %	261403870
113	NC_013408	AG	3	6	8713	8718	50 %	0 %	50 %	0 %	261403870
114	NC_013408	GTA	2	6	8834	8839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261403870
115	NC_013408	AAG	2	6	8905	8910	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	261403870
116	NC_013408	GAG	2	6	8914	8919	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403870
117	NC_013408	CTA	2	6	8949	8954	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261403870
118	NC_013408	AG	3	6	9126	9131	50 %	0 %	50 %	0 %	261403870
119	NC_013408	TTAA	2	8	9166	9173	50 %	50 %	0 %	0 %	261403870
120	NC_013408	GAAA	2	8	9183	9190	75 %	0 %	25 %	0 %	261403870
121	NC_013408	A	6	6	9188	9193	100 %	0 %	0 %	0 %	261403870
122	NC_013408	GGT	2	6	9198	9203	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	261403870
123	NC_013408	GAG	2	6	9328	9333	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403870
124	NC_013408	AAG	2	6	9345	9350	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	261403870
125	NC_013408	AGAA	2	8	9379	9386	75 %	0 %	25 %	0 %	261403870
126	NC_013408	CTA	2	6	9394	9399	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	261403870
127	NC_013408	AAG	2	6	9517	9522	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	261403871
128	NC_013408	TAA	2	6	9527	9532	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	261403871
129	NC_013408	AGG	2	6	9578	9583	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403871
130	NC_013408	AGA	2	6	9603	9608	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	261403871
131	NC_013408	AGG	2	6	9614	9619	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403871
132	NC_013408	AGA	2	6	9629	9634	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	261403871
133	NC_013408	CTC	2	6	9790	9795	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	261403871
134	NC_013408	GAG	2	6	9802	9807	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	261403871
135	NC_013408	T	6	6	9838	9843	0 %	100 %	0 %	0 %	261403871
136	NC_013408	TAA	2	6	9851	9856	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	261403871
137	NC_013408	TGA	2	6	9921	9926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261403871
138	NC_013408	CTC	2	6	10165	10170	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	261403872
139	NC_013408	ATA	2	6	10180	10185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	261403872
140	NC_013408	TCTTTT	2	12	10215	10226	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	261403872
141	NC_013408	AGT	2	6	10283	10288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261403872
142	NC_013408	CAC	2	6	10305	10310	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	261403872
143	NC_013408	TA	3	6	10315	10320	50 %	50 %	0 %	0 %	261403872
144	NC_013408	TAG	2	6	10330	10335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	261403872
145	NC_013408	TATC	2	8	10449	10456	25 %	50 %	0 %	25 %	261403872
146	NC_013408	TCTT	2	8	10457	10464	0 %	75 %	0 %	25 %	261403872
147	NC_013408	AAG	2	6	10519	10524	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	261403872

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.